La pharmacopée occupait plusieurs livres des encyclopédies médicales. Les drogues employées pouvaient être d’origine végétale, minérale et animale. On utilisait des drogues simples et des drogues composées dont l’action résultait de la combinaison des différents constituants.

La préparation de ces médicaments était l’apanage des médecins et des droguistes qui officiaient dans leurs échoppes ou dans les hôpitaux sous le titre d’apothicaires (shaykh). Si les « recettes » à l’époque médiévale étaient pour l’essentiel empruntées aux ouvrages grecs ou héritées de la médecine indienne, elles se sont enrichies de la tradition orale de nombreuses populations du monde arabo-musulman et des expériences de médecins ou pharmaciens arabophones.

Le médecin grec Dioscoride (Ier siècle ap. J.-C.) était sans conteste la plus grande autorité en pharmacologie. Dans son traité La matière médicale, il établit une liste d’environ cinq cents espèces de plantes médicinales. Ce livre fut traduit en arabe dès le IIIe H. / IXe ap. J.-C.. Le médecin de Cordoue Ibn Juljul (IVe H. / Xe ap. J.-C.) compléta la nomenclature de Dioscoride en ajoutant soixante-deux drogues, la plupart d’origine indienne.
Les ouvrages de Galien en pharmacologie, les pharmaka haplâ, les pharmaka synteta, De simplicium medicamentorum temperamentis ac facultatibus et De compositione mendicamentorum secundum locos servirent également de modèle à toute la littérature pharmacologique des médecins arabes à l’époque médiévale. Suivant la médecine humorale de Galien, les drogues étaient examinées pour définir leur tempérament (chaud, froid, humide, sec, etc.) selon différents critères (goût, odeur, rapidité de transformation, etc.). Ce tempérament devait s’opposer aux qualités de l’humeur dont l’excès provoquait la maladie.

Le règne animal intéressait aussi les médecins. On accordait des vertus médicales aux testicules de mammifères, pinces de scorpion, abats, bile, etc. Le tube digestif de certains animaux contenant des concrétions calcaires entrait dans la composition de remèdes contre les indigestions. Les apothicaires se servaient aussi de déjections de nombreux animaux. Ils avaient chacun une recette de « thériaque » dont ils gardaient le secret et qu’ils garantissaient comme une panacée.

Elle est écrite en koufi; indiquant les bienfaits du "figuier d'Inde"; tamr hindi (tamarin) dans le traitement de plusieurs maladies.

Elle prescrit l'utilisation de l'huile d'olive dans le traitement de certaines maladies.
De nombreuses ordonnances sont à la fois des "recettes", des indications pour le préparateur et des prescriptions pour les horaires de prise du médicament. L'usage de l'huile d'olive comme constituant de base des remèdes est très fréquent au Moyen Âge. Elle est utilisée en frictions, lotions, onctions ou administrée par voie buccale.